『의방유취』는 단지 1종의 저술이 아니라 여러 시기에 걸쳐 이루어진 뛰어난 저작물을 모아 주제에 따라 분류한 대표적인 醫學類書라 할 수 있다. 따라서 여기에 수록된 수백 종에 달하는 각종 인용문헌들은 그 자체로서 희귀한 고대 문헌일 뿐만 아니라 복원이 필요한 연구대상이 된다. 아래는 그간 『의방유취』에 수록된 인용문헌에 대한 전문적인 문헌연구 사례를 집약한 것이다.
『의방유취』 인용서에 관한 연구는 주로 이미 소실되었지만 『의방유취』를 통해 복원 가능한 문헌에 초점이 맞추어져 있다. 우선 盛增秀는 『의방유취』(1982, 북경, 인민위생)를 교열하는 과정에서 『의방유취』에 수록된 150여종의 의서 중 중국의학 문헌목록에서 보지 못한 30여종이 포함되어 있음을 발견하였다. 송대에 나온 『神巧萬全方』, 『小兒藥證直訣』, 『吳氏集驗方』, 『川玉集』, 『王氏集驗方』, 『烟霞聖效方』, 『經驗良方』, 『經驗秘方』, 『施圓端效方』, 『澹軒方』' 그리고 명대에 발간된 『瘡科通玄論』 등이다.
다시 말하자면, 명대 이전에 이미 소실되었된 逸失 문헌들을 『의방유취』를 통해 복원할 수 있게 된 것이다. 이 연구는 한국에서 아직 『의방유취』에 대한 본격적인 논의가 이루어지지 않았던 시점에 발표되었다는 점에서 중요한 선행연구 중 하나로 손꼽을 수 있다. 중국 논문 가운데는 『의방유취』에 인용된 의서의 연대 및 인용 빈도에 대한 초보적인 통계를 통해 실전된 인용서를 조사하여 『의방유취』의 문헌 가치에 대해 분석한 것도 있다.(李倩, 2006) 여기서 『의방유취』에 인용된 서적을 시대별 및 내용별, 인용빈도별로 분류하였고 중국에 이미 남아있지 않은 문헌 35종의 내용이 담겨 있어 문헌적 가치가 매우 높음을 밝혔다.
구체적으로 실전의서에 대한 복원 연구도 있다. 『龍樹菩薩眼論』, 『通真子傷寒括要』, 『瘡科通玄論』, 『修真秘訣, 『儒門事親』에 대한 논고가 발표되었는데, 먼저『용수보살안론』을 통해 인도 대승불교의 창시자인 龍樹가 초기 안과학에 미친 영향과 인도의학이 중국 안과술에 미친 영향을 검토하였다. 한편 『통진자상한괄요』는 北宋 劉元賓의 저술로, 이미 오래 전에 소실되었으나 다행히 『의방유취』에 수록되어 있어, 이를 통해 『통진자상한괄요』의 편집체제와 성립시기, 상한병에 대한 이론 등을 살펴볼 수 있었다.
피부과 전문서 『창과통현론』 또한 명대에 이미 소실되었지만 『의방유취』에 36종의 피부과 질병과 27종의 방제가 인용되어 있다. 이에 따르면 피부병의 발생에 있어서 특히 풍사가 중요하다고 했다. 질병의 단계에 따라 내외 치료법이 함께 사용되었으며, 이에 기반한 임상치법이 오늘날에도 여전히 유용하다고 보았다.
이밖에도 『의방유취』에 수록된 『王氏易簡方』, 『儒門事親』, 『修真秘訣』, 『活人書』 등 주요의서를 다른 판본이나 혹은 여타 서적과 비교 고찰한 연구가 있다. 劉時覺 등은 최근 발견된 『續易簡方脉論』의 두 판본에 대한 연구를 통해 이제까지 『속이간방맥론』이라 알려져 있던 『의방유취』 인용서 ‘王氏易簡方’은 『속이간방맥론』이 아니라 원대 徐若虛의 『易簡歸一』이라고 주장하였다.
『유문사친』과 관련해서는 『의방유취』에 실린 내용과 현재 통용되는 명대 판본을 비교하여 『의방유취』 수록본이 원모를 잘 간직하고 있음을 밝혀, 『유문사친』 연구에 있어 매우 중요함을 알 수 있다. 또 『수진비결』의 특징을 파악하기 위해 『의방유취』인용 내용과 『正統道藏』에 수록된 내용을 비교 분석한 연구도 있다.
송대 朱肱의 『활인서』는 판본이 많고 매우 널리 퍼져 후대 상한학 연구에 큰 영향을 미친 문헌이다. 문제는 판각을 할 때마다 체제뿐만 아니라 주석 등 적지 않은 내용이 달라졌다는 점이다. 각 시기별 『활인서』 판본을 비교 고찰한 연구에 따르면, 명대의 판본 중 하나로 『의방유취』에 수록된 『활인서』는 명대 판본 중의 하나로 간주하였으며, 내용을 빠짐없이 담고 있어 원서의 모습을 파악하는데 매우 중요하다고 보고하였다.